Dokumen Rencana Strategis (Renstra) Yayasan EcoNusa 2024-2029 merupakan panduan utama organisasi selama lima tahun, berlandaskan visi untuk mewujudkan kedaulatan masyarakat adat dalam pengelolaan sumber daya alam yang berkeadilan dan berkelanjutan di Tanah Papua dan Kepulauan Maluku. Analisis konteks dalam dokumen ini adalah mengidentifikasi tantangan sosial-ekonomi, seperti kemiskinan dan masalah pendidikan, serta tantangan lingkungan yakni ancaman deforestasi dan menurunnya kualitas sumber daya laut.
Peluang utama mencakup pengembangan ekonomi restoratif, pemanfaatan kebijakan Otonomi Khusus, perkembangan teknologi digital, serta peran strategis Organisasi Masyarakat Sipil (OMS) dan media. Misi organisasi berfokus pada fasilitasi pemangku kepentingan, peningkatan kapasitas mitra lokal, promosi praktik terbaik, dan penguatan kelembagaan internal.
Empat Isu Strategis yang akan dipecahkan melalui program kerja adalah konsolidasi mitra pembangunan dan pemangku kepentingan, penguatan kapasitas OMS lokal, penguatan pembelajaran dan praktik-praktik baik pengelolaan sumber daya alam, serta pengembangan institusi EcoNusa yang transparan dan akuntabel. Program strategis mencakup harmonisasi kebijakan, pemetaan mitra potensial, pengembangan model ekonomi masyarakat adat berbasis kawasan ekonomi khusus, dan penguatan tata kelola internal.
