EcoFund merupakan mekanisme penggalangan dana yang kemudian diberikan kepada kelompok masyarakat lokal yang bertujuan untuk mendukung inisiatif komunitas masyarakat di wilayah Timur Indonesia khususnya Tanah Papua, Maluku dan Maluku Utara. Sebagian kecil dukungan juga dapat diberikan kepada inisiatif diluar fokus area dimaksud. Dana yang disalurkan berasal dari mitra pendana EcoNusa yang memiliki kesamaan visi dan tidak bertentangan dengan nilai-nilai organisasi EcoNusa. Tujuan EcoFund adalah:

1. Menyediakan akses dana kepada organisasi kemasyarakatan lokal dalam mengelola program untuk mewujudkan keberlanjutan pengelolaan sumber daya alam lokal di Indonesia Timur.
2. Meningkatkan kapasitas organisasi kemasyarakatan lokal dalam melaksanakan dan mengatur program yang sesuai dengan standar yang berlaku baik secara nasional dan internasional.
3. Meningkatkan kerja sama antara Yayasan EcoNusa dengan beberapa organisasi kemasyarakatan lokal dalam mewujudkan visi kedua organisasi.

EcoFund berfokus pada:

1. Penguatan hak-hak masyarakat adat dan lokal.
2. Membangun resiliensi masyarakat dalam pengelolaan berkelanjutan sumberdaya alam, pengembangan bisnis berbasis masyarakat dan penghidupan berkelanjutan.
3. Pembangunan rendah karbon dan advokasi kebijakan dan nasional dan sub-nasional
4. Penyampaian kepada media dan publik mengenai inisiatif lokal di Timur Indonesia
5. Mobilisasi dukungan publik, kaum muda dan perempuan

1. Small Fund (Hibah Kecil): Dukungan pendanaan bagi program pengembangan masyarakat, kebijakan, serta konservasi alam yang berkelanjutan. Program berupa kegiatan jangka pendek, yang ditujukan untuk mendukung inisiasi lokal maupun Organisasi Non Profit/Lembaga/Kelompok Masyarakat/Komunitas.
2. Kerjasama program: Kerja sama dengan mitra Organisasi/Lembaga/Kelompok Masyarakat lokal dalam rangka menjalankan program di wilayah kerja yang ditetapkan bersama EcoNusa.

Yayasan EcoNusa tidak membedakan antara dukungan hibah kecil dan kerjasama program baik dalam isu tematik maupun lintas sektoral. Semua proposal yang masuk harus sesuai dengan program EcoNusa secara keseluruhan dan berkomitmen dalam memperbaiki pengelolaan sumber daya alam yang berkeadilan dan berkelanjutan di Indonesia timur. Oleh karena itu, isu yang dapat diangkat oleh organisasi lokal dalam mengelola dana EcoFund antara lain, dan tidak terbatas pada:

• Penguatan Kapasitas Masyarakat Adat

Pembentukan forum pemangku kepentingan; perencanaan, pelatihan, asistensi teknis, pengelolaan, dan kolaborasi; perencanaan pemanfaatan lahan dan manajemen sumber daya alam di tingkat masyarakat.

• Pelestarian Konservasi Hutan dan Laut

Peningkatan kesadaran masyarakat; program percontohan; pemetaan lahan/hutan dan laut; pencegahan kebakaran hutan; restorasi ekosistem hutan dan laut; pengelolaan keanekaragaman hayati; pelatihan pengelolaan sumber daya hutan dan laut.

• Riset dan Advokasi Kebijakan

Melakukan riset terkait perlindungan hutan di Indonesia Timur (tanah Papua dan Kepulauan Maluku), untuk mempengaruhi kebijakan di level provinsi dan nasional.

• Pemberdayaan Ekonomi Masyarakat Adat

Investasi pengembangan ekowisata; pengelolaan  hutan melalui kolaborasi dengan berbagai pihak (Pemerintah/Masyarakat/CSO); pembentukan tempat-tempat pembibitan; perencanaan pada tingkat masyarakat; penelitian pasar dan kelayakan usaha.

Isu lintas sektoral yang bisa diangkat, antara lain:

• Kesetaraan gender
• Keterlibatan perempuan, pemuda, dan orang dengan kebutuhan khusus.
• Hak Asasi Manusia, Anti Korupsi, dan Perubahan Iklim.

• Penelitian, Monitoring dan Evaluasi
• Workshop/Pelatihan
• Pendampingan atau asistensi teknis
• Kampanye publik dan event lainnya.
• Penyediaan fasilitas untuk pengelolaan hasil hutan dan laut.
• Pemetaan wilayah adat
• Pengembangan potensi ekonomi lokal.

Wilayah Ecofund untuk small fund atau hibah kecil meliputi:

• Dipriotaskan di Tanah Papua dan Kepulauan Maluku
• Wilayah Indonesia lainnya

Wilayah EcoFund untuk kerjasama program meliputi:

• Tanah Papua: Papua dan Papua Barat
• Kepulauan Maluku

1. Small fund (hibah kecil), Econusa tidak memberikan batasan waktu tertentu, proposal yang disampaikan sesuai dengan rencana kegiatan calon mitra.
2. Kerjasama program, disesuiakan dengan periode program kerja Econusa

Proses penilaian proposal dilakukan melalui 2 (dua) seleksi, yaitu seleksi adminitratif dan seleksi substansi.

Kriteria seleksi administratif adalah sebagai berikut:

• Organisasi kemasyarakatan (sipil, nonprofit) atau pusat kajian universitas (lokal/nasional)
• Memiliki legalitas resmi kelembagaan yang diatur dalam UU 17 tahun 2013 tentang organisasi kemasyarakatan.
• Untuk organisasi masyarakat adat pada level kampung, jika tidak memiliki legalitas maka dapat menggunakan surat keterangan dari kepala kampung atau lembaga keagaman (gereja atau masjid) atau atas rekomendasi tokoh setempat yang dapat dipertanggung jawabkan.
• Telah melakukan program pembangunan secara mandiri paling tidak satu tahun di wilayah kerjanya
• Memiliki sumber daya manusia yang memadai
• Mampu untuk memenuhi persyaratan yang diajukan oleh pihak Yayasan EcoNusa.

1. Inisiatif Lokal (kelompok tani/komunitas masyarakat/masyarakat adat)
2. Lembaga/kelompok swadaya masyarakat,
3. Lembaga pengelola kawasan konservasi.
4. Organisasi pemuda dan pelajar
5. Lembaga studi dan penelitian,

1. Semua lembaga pemerintah,
2. Badan usaha termasuk perusahaan pribadi dan umum, kecuali koperasi (dengan persyaratan khusus),
3. Asosiasi perusahaan/industri,
4. Militer atau organisasi para militer,
5. Organisasi politik.