Salah satu misi EcoNusa adalah menjadi organisasi yang efektif dan akuntabel, termasuk pada pengelolaan keuangan dalam menjalankan program kerjanya. Melalui diskusi rutin PACE (Paparan dan Cerita), Direktorat Operasional EcoNusa di kantor Jakarta menjelaskan tentang hasil audit Yayasan yang mendapatkan “Wajar Tanpa Pengecualian (WTP)” kepada seluruh tim EcoNusa. Kegiatan ini diharapkan agar setiap tim EcoNusa memahami cara lembaga merawat akuntabilitas organisasi, sistem keuangan yang digunakan,memahami standar prosedur keuangan yang benar, dan berkomitmen menerapkan prosedur keuangan yang berlaku bagi setiap pihak.